Kariera solowa Pierwszym albumem solowym Bonamassy był A New Day Yesterday wydany w 2000 i wyprodukowany przez Toma Dowda. Utwór z tej płyty „Miss You / Hate You” nadal pojawia się na koncertach artysty. Podczas trasy promującej ten album w skład zespołu weszli perkusista Kenny Kramme i basista Eric Czar.
Po tym tournée Bonamassa wrócił wraz z zespołem do studia w 2002 i rozpoczął współpracę z producentem Clifem Magnessem – dzięki czemu powstał drugi album So It’s Like That. Na tej płycie pojawiła się muzyka bliższa tradycyjnemu rockowi niż bluesowi, ale mimo to dotarła do pierwszego miejsca na liście Billboard Blues Chart.
W 2003 wydana została płyta Blues Deluxe, która miała między innymi promować Rok Bluesa. Znalazło się na nim dziewięć klasycznych utworów bluesowych oraz trzy nowe kompozycje Bonamassy. Ten album również dotarł do pierwszego miejsca na liście Billboard Blues Chart.
Album z 2006 You & Me przedstawiał muzykę w tradycji bluesrockowej i również dotarł na szczyt wyżej wspomnianej listy. Do jego nagrania Bonamassa zaprosił wielu muzyków studyjnych, m.in. Jasona Bonhama, syna perkusisty Led Zeppelin.