Jana pragnęli spalić pisma i wizerunek Lutra. 1523 – druga z dat (obok 1500) odlania dzwonu Tuba Dei. 22 sierpnia 1523 – Zygmunt Stary wystawił dokument Reformatio Sigismundi, gwałtownie zmieniający organizację władz i ustrój Torunia.

18 lutego 1537 – Zygmunt Stary zniósł toruńskie prawo składu. 16 maja 1555 – najstarszy zapis źródłowy dotyczący osady Podgórz, obecnie części urzędowej Torunia. 28 grudnia 1558 – król Zygmunt II August nadał Toruniowi przywilej wyznaniowy, gwarantujący protestantom swobodę wyznania. 1568 – szkoła świętojańska została podniesiona do rangi Gimnazjum. 1577 – pojawienie się kaznodziei Marcina Trisnera, początek ruchu kalwinistycznego w Toruniu.

1594 – uroczyste podniesienie Gimnazjum Toruńskiego do rangi Gimnazjum Akademickiego.

1598 – Gimnazjum Toruńskie podniesiono do rangi Gimnazjum Akademickiego. 1623 – założono Aptekę Radziecką.

1645 – w mieście odbyło się Colloquium charitativum, spotkanie ekumeniczne katolików i protestantów.

Okres wojen (XVII-XVIII wiek)

23 maja–14 października 1703 – wojska szwedzkie oblegały Toruń.