Działania bojowe 1 września dotarła do stacji wyładowczej Kraków. Wieczorem została dyslokowana w koszarach 5 batalionu pancernego. Dowódca kompanii 2 września zameldował się do dowództwa Armii. Konkretnego zadania jednak nie otrzymał. Pozostawał w dyspozycji dowódcy Obszaru Warownego „Kraków”. 3 września 61 kompania została skierowana w rejon Myślenice – Mszana Dolna. Została przydzielona do wsparcia działań 1 Brygady Górskiej Strzelców, która była wspierana przez 10 Brygadę Kawalerii. 3 września wieczorem 61 skczr, wykonała kontratak wspierając 1 pułk strzelców górskich w kierunku wsi Słomka, w walce utraciła czołg TKS. Zgodnie z rozkazem wycofała się z oddziałami 1 BGS w kierunku Wierzbanowej i Kasiny Wielkiej. Rano, 5 września kontratakiem odrzuciła ona spod Wierzbanowej podchodzące szpice 3 Dywizji Górskiej, tracąc jednak w walce z nimi czołg TKS. Straty niemieckie wyniosły zniszczone: 2 ciężarówki, 5 motocykli oraz 1 moździerz. Zdobyto kolejny moździerz. W nocy 5/6 września wycofała się wraz z 1 psg bocznymi drogami między Rabą a Stradomką, w kierunku Dunajca, utraciła następny czołg. Wieczorem wycofała się osobno przez lasy do rejonu między Bochnią a Brzeskiem i utraciła łączność z 1 BGS.