Cobhamowi udało się jednak odzyskać łaski królowej. 23 kwietnia 1584 r. został kawalerem Orderu Podwiązki. W 1585 lub 1586 r. został członkiem Tajnej Rady. W 1588 r. posłował do namiestnika hiszpańskich Niderlandów, księcia Aleksandra Farnese. W latach 90. XVI w. Cobham nie brał już aktywnego udziału w polityce. W 1596 r. otrzymał urząd Lorda Szambelana, ale nie cieszył się nim zbyt długo. Zmarł na początku 1597 r. Został pochowany w Cobham w hrabstwie Kent.
Był dwukrotnie żonaty. Po raz pierwszy ożenił się w 1545 r. z lady Dorothy Nevill (zm. 22 września 1559), córką George’a Nevilla, 5. barona Bergavenny, i lady Mary Stafford, córki 3. księcia Buckingham. Małżeństwo to nie było udane i zakończyło się separacją po 1553 r. William i Dorothy mieli razem jedną córkę: Frances Brooke.
Drugą żoną Cobhama została 25 lutego 1560 w Whitehall Frances Newton (zm. 17 października 1592), córka sir Johna Newtona i Margaret Poyntz, córki sir Anthony’ego Poyntza. Z małżeństwa narodziło się dwóch synów i trzy córki: Elizabeth Brooke (1563–24 stycznia 1596/1597), żona Roberta Cecila, 1. hrabiego Salisbury, miała dzieci, Henry Brooke (22 listopada 1564 – 3 lutego 1619), 11. baron Cobham, George Brooke (17 kwietnia 1568 – 5 grudnia 1603), Frances Brooke (ur. ok. 1570), żona Johna Stourtona, 9.