2 września 1938 roku weszła w życie ustawa z dnia 23 sierpnia 1938 roku o Akademii Wychowania Fizycznego Józefa Piłsudskiego w Warszawie. Na mocy tej ustawy dotychczasowy Centralny Instytut Wychowania Fizycznego w Warszawie został przekształcony w wojskową szkołę akademicką pod nazwą Akademia Wychowania Fizycznego Józefa Piłsudskiego w Warszawie. Zwierzchni nadzór nad działalnością akademii sprawował Ministerstwo Spraw Wojskowych w porozumieniu z Ministrem Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z wyjątkiem spraw dotyczących tylko wojska, w których Minister Spraw Wojskowych wydawał zarządzenia samodzielnie.. 20 marca 1939 nadano statut uczelni. 26 maja 1939 roku weszło w życie rozporządzenie Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z dnia 28 kwietnia 1939 roku w sprawie przyznania Akademii Wychowania Fizycznego Józefa Piłsudskiego w Warszawie prawa nadawania stopnia magistra wychowania fizycznego..
W czasie II wojny światowej na terenie AWF znajdowały się koszary Luftwaffe. Wyposażenie uczelni zostało zniszczone lub wywiezione przez Niemców.