Lata 1501–2000 1571 – Oda Nobunaga rozpoczyna prześladowania buddyzmu w Japonii; pali ok. 3000 klasztorów i świątyń. Buddyzm zostaje podporządkowany państwu; początek sekularyzacji Japonii. 1578 – Altan-chan nadaje tytuł dalajlamy Sonamowi Gjaco (znanemu później jak trzeci dalajlama). lata 1600. i 1700. – podział Wietnamu; władcy z rodu Nguyễn na południu wspierają buddyzm mahajany jako integracyjną ideologię w wieloetnicznym kraju. 1615 – Ojraci nawracają się na buddyzm nauczany w szkole gelug buddyzmu tybetańskiego. 1654 – mistrz chan Yinyuan Longqi zakłada w Japonii trzecią szkołę zen ōbaku, istniejącą do tej pory. 1766–67 – w Tajlandii zostaje zniszczonych wiele tekstów buddyjskich podczas inwazji birmańskiej. lata 1800. – tajlandzki król Mongkut – były mnich – prowadzi kampanię reformatorską i modernizacyjną stanu mnisiego; ruch ten kontynuowany jest także obecnie z inspiracji kilku wybitnych ascetycznych mnichów z północno-wschodniej części kraju. 1802–20 – Nguyễn Ánh (Gia Long) obejmuje tron zjednoczonego Wietnamu; gdy wzmocnił swoją władzę, stworzył ortodoksyjne konfucjańskie państwo restrykcyjne wobec buddyzmu. Dorośli mężczyźni nie mogli brać udziału w buddyjskich ceremoniach.