Premier 12 września 2007, po rezygnacji ze stanowiska szefa rządu przez Shinzō Abe, Fukuda ogłosił zamiar ponownego ubiegania się o przywództwo w partii„Japanese PM admitted to hospital”, BBC News, 13 września 2007.„Japanese PM: Possible candidates”, BBC News, 13 września 2007.. Ponieważ Partia Liberalno-Demokratyczna posiadała większość w Izbie Reprezentantów, jej przewodniczący miał automatycznie zapewnione stanowisko premiera. Fukuda zyskał poparcie dwóch dużych stronnictw, kierowanych przez ministra spraw zagranicznych Nobutakę Machimurę oraz ministra finansów Fukushirō Nukagę, który sam początkowy zamierzał ubiegać się o stanowisko lidera partii.
23 września 2007, w wyniku przeprowadzonego głosowania na stanowisko przewodniczącego partii, 330 członków Partii Liberalno-Demokratycznej poparło kandydaturę Fukudy, podczas gdy na jego rywala Tarō Asō oddano 197 głosów„Fukuda set to be new Japan PM”, BBC News, 23 września, 2007.. Dwa dni później niższa izba parlamentu oficjalnie wybrała go na stanowisko premiera„Fukuda set to be new Japanese PM, BBC News, 25 września 2007.. Fukuda otrzymał 338 głosów, prawie 100 więcej niż wymagana większość. Następnego dnia po mianowaniu przez cesarza, Fukuda został 91. premierem Japonii.