Kronikarz Maciej z Miechowa ubolewał, że „książę moskiewski, w roku 1479, wyrwał Nowogród z rąk Kazimierza [Jagiellończyka], wielkiego księcia litewskiego”, dając tym samym do zrozumienia, że w ówczesnej Rzeczypospolitej Republikę Nowogrodzką uważano za część litewskiej dziedziny.
W drodze unifikacji ustroju państwowego i systemu prawnego przez Moskwę część zwyczajów Nowogrodu zniesiono (m.in. wiec), część została zaadaptowana w nowym kodeksie prawnym Wielkiego Księstwa Moskiewskiego (m.in. Sudiebnik z 1497 i Domostroj). W 1494 zlikwidowano kantor Hanzy. Niemniej za rządów cara Iwana III Srogiego Nowogród cieszył się specjalnymi przywilejami w porównaniu z pozostałymi miastami Rosji, m.in. dysponował prawem do pobierania własnych podatków.
Na przełomie 1569 i 1570 car Iwan IV Groźny z pomocą oddziałów opryczniny zdobył i zniszczył Nowogród Wielki wraz z wszystkimi innymi miastami Rosji na drodze z Moskwy do Nowogrodu. Pretekstem do ekspedycji były spiski bojarskie przeciw władzy carskiej w północnej Rosji oraz domniemane potajemne pertraktacje nowogrodzkiej rady miejskiej z Litwą. Zdrada nowogrodzkiej rady miejskiej była najprawdopodobniej wymysłem dowódców opryczniny, Maluty Skuratowa i Wasyla Griaznego w celu osiągnięcia własnych korzyści.