W okresie tym stronnictwo prolitewskie reprezentowała w Republice posadnica Marta Borecka, której polityka skłoniła do interwencji zbrojnej księcia nowogrodzkiego i moskiewskiego Iwana III i wcielenia Nowogrodu do Wielkiego Księstwa Moskiewskiego.
W Wielkim Księstwie Moskiewskim i Carstwie Rosyjskim Począwszy od czasów Iwana I Kality książęta moskiewscy dążyli do zjednoczenia całości ziem ruskich pod swoim berłem. 15 stycznia 1478 Republika Nowogrodzka została ostatecznie wcielona przez Iwana III Srogiego do Wielkiego Księstwa Moskiewskiego. Iwan III doprowadził do egzekucji głównych przedstawicieli wrogiej jego panowaniu elity nowogrodzkiej – oskarżając ich o zdradę. Znacznie większa część nieposłusznych bojarów została wywieziona do Moskwy. Wielki kniaź moskiewski utwierdzał na miejscu republikańskiej tradycji kulturę polityczną despotyzmu. Archiwum dyplomatyczne republiki kupieckiej zostało wywiezione do Moskwy, by dostarczyć dowodów zdrady, czyli układów Nowogrodu z Litwą i królem polskim. Nastąpiły kolejne masowe deportacje ludności i osiedlenie na jej miejsce lojalnych wobec Iwana III osadników z centrum państwa moskiewskiego„Dzieje Polski. Tom 4", Andrzej Nowak, Kraków 2019.. Rada miejska i rody bojarskie promoskiewskie złożyły przysięgę na wierność carowi.