W 1938 dyrektora Porajskiego zastąpiło dwóch nowo mianowanych ordynatorów: Karol Łuniewski (odpowiedzialny za ginekologię i położnictwo) oraz Wacław Lubczyński nadzorujący pediatrię.
II wojna światowa Podczas oblężenia Warszawy we wrześniu 1939 placówkę przekształcono w szpital wojskowy dla rannych z odcinka frontu Górce – Wola. Dach budynku, zgodnie z międzynarodowymi konwencjami, został oznaczony znakami Czerwonego Krzyża. Mimo to 14 września placówka została poważnie uszkodzona w wyniku nalotu Luftwaffe. Na początku października 1939, już pod okupacją niemiecką, uszkodzenia naprawiono, szpital pozostał jednak w rękach wojska, tym razem niemieckiego. W 1940 szefem placówki został doc Henryk Gromadzki. Od roku 1941 szpital formalnie znajdował się na terenie getta warszawskiego, choć był z niego wyłączony jako placówka wojskowa. W 1942 szpital zamknięto, a w sierpniu tego roku otwarto na nowo, tym razem jako szpital więzienny Pawiaka, a pod koniec roku zamknięto go ponownie i zamieniono w koszary wojsk niemieckich, które wykorzystywały budynek do połowy stycznia 1945.