Na początku października na stację przybył statek Sojuz TM-20, na pokładzie którego znajdowali się: Aleksandr Wiktorienko i Jelena Kondakowa – 17 stała załoga Mira oraz niemiecki astronauta Ulf Merbold. Wspólny lot obu załóg trwał miesiąc. 4 listopada Malenczenko, Musabajew oraz Merbold wylądowali w odległości 88 km od miasta Arkałyk.
40px STS-106 (Atlantis F-22); 8 września 2000 Jurij Malenczenko rozpoczął swoją drugą misję kosmiczną na pokładzie wahadłowca Atlantis. Był specjalistą (MS-4) w załodze lotu STS-106. Razem z nim w kosmos udali się: Terrence W. Wilcutt (dowódca), Scott D. Altman (pilot), Edward T. Lu (specjalista misji MS-1), Richard A. Mastracchio (MS-2), Daniel C. Burbank (MS-3) oraz Boris Morukow (MS-5). 10 września wahadłowiec przycumował do Międzynarodowej Stacji Kosmicznej. Następnego dnia Malenczenko oraz Lu przeprowadzili ponad 6-godzinny spacer kosmiczny, podczas którego m.in. przymocowali do modułu Zwiezda 2-metrowy wysięgnik z magnetometrem oraz instalowali kable: energetyczne, systemu sterowania bateriami słonecznymi, telemetryczne i telewizji wewnętrznej. Podczas kolejnych dni astronauci pomogli rozładować statek transportowy Progress M1-3 i zapełnić go zużytymi i niepotrzebnymi elementami stacji.