W sierpniu tego samego roku Roskosmos oraz NASA oficjalnie mianowały Malenczenkę dowódcą statku kosmicznego Sojuz TMA-11 oraz inżynierem pokładowym 16 ekspedycji na ISS, której start zaplanowano na październik 2007. W załodze tej znalazła się również Peggy Whitson. Trzecim członkiem załogi początkowo będzie przebywający już w kosmosie Clayton Anderson (do listopada 2007), a później Daniel Tani (do grudnia 2007), Léopold Eyharts (do lutego 2008) i Garrett Reisman (do maja 2008). 2007 – 10 października Malenczenko, Whitson i Sheikh Muszaphar Shukor – pierwszy astronauta Malezji – wystartowali w kosmos na pokładzie statku Sojuz TMA-11.
Loty kosmiczne 40px Sojuz TM-19; 1 lipca 1994 wystartował w kosmos na pokładzie statku kosmicznego Sojuz TM-19. Towarzyszył mu inżynier pokładowy Tałgat Musabajew. Dwa dni później, 3 lipca, Sojuz połączył się ze stacją kosmiczną Mir. Kosmonauci byli 16 stałą załogą jaka pracowała na Mirze. Przejęli ją od swoich poprzedników – Wiktora Afanasjewa oraz Jurija Usaczowa. Na stacji pozostał trzeci członek stałej załogi – Walerij Polakow. 9 i 13 września kosmonauci wychodzili na zewnątrz stacji aby naprawić jej uszkodzoną izolację. Kosmiczne spacery trwały odpowiednio 5 i 6 godzin.