Woda z Amu-darii i Syr-darii wykorzystywana jest nie tylko do upraw bawełny, ale i ryżu. Na terenach niemal pustynnych zakładano plantacje monokultur roślin o dużym zapotrzebowaniu wody. Nadmierna gospodarka rolno-spożywcza i wodna (na utrzymanie sieci kanałów w czasach ZSRR wydawano około 25$/ha, obecnie 1,5$ – 10$) doprowadziła do zahamowania zasilania z rzek.
mały|Udział dostaw wody z Syr-darii i Amu-darii (zasilanie powierzchniowe), zasilania podziemnego i wielkość parowania z powierzchni jeziora w ogólnym bilansie wodnym thumb|1960–2014 Wzrost produkcji bawełny nie równoważył jednak ponoszonych kosztów. Już w latach osiemdziesiątych załamał się przemysł przetwórstwa rybnego w Aralsku i innych miejscowościach. Przed wyschnięciem jeziora większość okalających go wsi utrzymywała się z rybołówstwa oraz turystyki. Gdy jezioro zaczęło wysychać, z jego okolic wyemigrowało 100 tys. ludzi, część osiadła nad Morzem Kaspijskim. Niemal wszystkie organizmy zamieszkujące wody Jeziora Aralskiego wymarły na skutek drastycznego wzrostu zasolenia, a wśród mieszkańców regionu znacząco wzrosła częstość występowania takich chorób jak gruźlica, tyfus, niedokrwistość, a u noworodków także upośledzenia umysłowe.