Początkowo wszystkie pułki zostały przydzielone do niemieckiej 207 Dywizji Bezpieczeństwa. Walczyły one z Armią Czerwoną – podobnie jak Pułk Graniczny "Tallinn" – w rejonie Narwy, nad rzeką Narwą, jeziorem Pejpus i jeziorem Psków. Latem 1944 r. 2, 3, 4 i 6 Estońskie pułki graniczne zostały połączone, tworząc 300 Dywizję Piechoty Specjalnego Przeznaczenia. Natomiast 1 i 5 Pułki Graniczne pozostały samodzielnymi jednostkami, działając nad rzeką Emajőgi. Pułk Zapasowy stacjonował w Viljandi.
We wrześniu estońskie jednostki graniczne zostały rozbite w ciężkich walkach z Armią Czerwoną. Jedynie ich resztki wycofały się wraz z wojskami niemieckimi z obszaru Estonii.
Skład organizacyjny Estnische Grenzschutz Regiment "Tallin" I batalion – d-ca Hstuf. Arnold Purre II batalion – d-ca Hstuf. Jüri Jürgen III batalion – d-ca Hstuf. Mats Mölder Estnische Grenzschutz Regiment 1 I batalion – d-ca Hstuf. Aleksander Veelma II batalion – d-ca Hstuf. Eduard Ausmees III batalion – d-ca Stubaf. Raimond Hindpere Kompania przeciwpancerna – d-ca Ustuf. Tolpus, następnie Ustuf. Koperman Estnische Grenzschutz Regiment 2 I batalion – d-ca Hstuf. Meinhard Niinepuu II batalion – d-ca Hstuf. Elmar-Johannes Sillaots III batalion – d-ca Hstuf. Meinhard Leetma kompania przeciwpancerna – d-ca Ustuf.