Podczas IV Kongresu Ormiańskiej Federacji Rewolucyjnej w 1907 roku, Andranik poinformował o swojej decyzji opuszczenia partii, argumentował to swoim sprzeciwem wobec działań zarządu, który nawiązał współpracę z młodoturkamiJon Kirakosyan, The Armenian genocide: the Young Turks before the judgment of history, Sphinx Press, 1992, s. 106.
W Sofii Andranik spotkał macedońskiego rewolucjonistę Borysa Sarafowa. Obydwaj zobowiązali się do wspólnej pracy na rzecz wyzwolenia narodów Armenii i Macedonii. Andranik obok Garegina Nyżdeha wziął udział w pierwszej wojnie bałkańskiej (1912-1913) jako dowódca 12. batalionu Trzeciej Brygady Macedońsko-Adrianopolskiej pod dowództwem pułkownika Aleksandara Protogerowa. Jego oddział składał się z 273 ormiańskich ochotników"Големият, нов паметник на генерал Андраник".
20 października 1912 roku Druga Armia Bułgarska, w skład której weszła milicja macedońsko-adrianopolska w tym ormiańscy ochotnicy, w okolicy Edirne stoczyła bitwę z siłami Javera Paszy. 4 listopada 1912 roku w pobliżu Momchilgradu, milicja przy wsparciu oddziału Andranika pokonała przeważający liczbowo oddział Turków.