Sądy niemieckie potwierdziły wcześniejszą decyzję władz narażając w przyszłości Franciszka Myśliwca na oskarżenie o zdradę lub odebranie mu gospodarstwa, które jako dziedziczne i wzorcowe nie mogło pozostać w rękach rodziny polskiej.
W sierpniu 1939 r. był namawiany do wystąpienia z polskich organizacji, co odrzucił, oświadczając wobec starosty strzeleckiego, iż spełnienie niemieckich żądań stanowiłoby zdradę sprawy, o którą walczył całe życie. W konsekwencji, po rozpoczęciu przez III Rzeszę inwazji na Polskę został wraz z innymi działaczami ZPwN aresztowany przez gestapo i osadzony w obozie koncentracyjnym Buchenwald. Był tam najstarszym więźniem wśród Opolan. Przy zwalnianiu go z obozu koncentracyjnego postawił władzom niemieckim warunek, iż opuści obóz jeżeli razem z nim pójdą na wolność jego koledzy - w efekcie został zamordowany. Zgładzono go w obozie Dachau 6 XI 1941 r. o godz. 3.30. W akcie zgonu z KL Dachau jako rzekomą przyczynę śmierci Franciszka Myśliwca podano: niewydolność serca i układu krążenia, przy nieżycie jelit (niem. Versagen von Herz und Kreislauf, bei Darmkatarrh), co stanowiło przyjętą praktykę postępowania niemieckiego aparatu przemocy - fałszowano przyczyny zgonów, aby ukryć masową eksterminację.