W 2000 na proboszcza parafii władze Kościoła mianowały kapłana Jana Opalę. W 2001 kapłan wskazał na konieczny, gruntowny remont wnętrza kościoła: wymianie uległy tynki w kościele, odtworzono malowidła w absydzie, wybudowano nowe schody, położono podłogi, wybudowano nowe schody w prezbiterium. Był to najpoważniejszy remont od 1911, który zakończył się uroczystym poświęceniem wnętrza świątyni i konsekracją ołtarza 25 czerwca 2005. Uroczystościom przewodniczył Zwierzchnik Kościoła biskup Włodzimierz Jaworski w asyście biskupów: Ludwika Jabłońskiego i Romana Nowaka przy udziale przedstawicieli wszystkich parafii mariawickich, duchowieństwa, przedstawicieli władz miasta, powiatu, gminy, policji i innych.
25 lutego 2006 w parafii odbyły się obrady Komisji Młodzieży Polskiej Rady Ekumenicznejkapł. J. Opala, Wizyta Komisji Młodzieży Polskiej Rady Ekumenicznej w Mińsku Mazowieckim [w:] "Mariawita" XLVIII/1-3/2006, s. 26. 22 września 2006 w siedzibie Towarzystwa Przyjaciół Mińska Mazowieckiego odbyło się uroczyste otwarcie wystawy czasowej przygotowanej wspólnie przez parafię Kościoła Starokatolickiego Mariawitów w Mińsku Maz., Muzeum Ziemi Mińskiej i Towarzystwo Przyjaciół Mińska Mazowieckiego.