II wojna światowa odcisnęła swoje piętno na parafii. Niemcy zajęli kościół i utworzyli w nim magazyn zbożowy, a ówczesny proboszcz kapłan Augustyn Gostyński wyprosił u Niemców możliwość odprawiania nabożeństw w zakrystii. Przeznaczenie kościoła na magazyn zbożowy spowodowało poważną degradację obiektu, co ujawniło się dopiero po wyzwoleniu. Ustępujący z Mińska Niemcy podpalili zabudowania parafialne i tylko dzięki kapłanowi Gostyńskiemu uratowano kościół i dom parafialny.
Od samego początku parafia mińska była nieduża, rozrzucona wokół miasta miała wielu proboszczów, często zmieniających się. Od końca lat siedemdziesiątych parafia zaczęła się dynamicznie rozwijać, rozpoczął się napływ mariawitów z okolicznych wiejskich parafii. Od 1979 przez dwadzieścia lat jednym z najdłużej dotychczas urzędujących proboszczów został kapłan Tadeusz Szymański. Duchowny ten przybył do parafii w momencie dość sporego jak na ówczesne możliwości wiernych remontu, polegającego na wymianie tynków sklepienia nawy głównej kościoła, wymianie podłogi, odtworzeniu malowideł, wykonaniu nowego ołtarza. Prace zakończyły się w 1981. Wielkim wysiłkiem i osiągnięciem całej parafii była budowa nowego domu parafialnego, która zakończyła się w 1990. W 1999 pobudowano nowy parkan od ulicy Romualda Traugutta.