Jego najlepszym wynikiem było szóste miejsce w październiku w Oberhofie.
Sezon zimowy 2006/2007 rozpoczął od 22. miejsca w Ruce. W Lillehammer był trzeci, za Simonem Ammannem i Andreasem Küttelem. Zajął 2. miejsca w Innsbrucku (za Andersem Jacobsenem) oraz w Vikersund i Oberstdorfie (za Adamem Małyszem). W lutym 2007 podczas mistrzostw świata w Sapporo zdobył złoty medal w konkursie drużynowym. Indywidualnie został brązowym medalistą na obiekcie normalnym. Wyprzedzili go Adam Małysz i Simon Ammann. Do występów w Planicy jego szczytowym osiągnięciem było trzecie miejsce w Kuopio za Małyszem i Koflerem. W klasyfikacji generalnej PŚ zajął szóstą lokatę.
Sezon 2007/2008 Latem 2007 po raz drugi w karierze wygrał klasyfikację Letniego Grand Prix.
W sezonie 2007/2008 wygrał sześć pierwszych konkursów PŚ, co było wyrównaniem rekordu Mattiego Hautamäkiego i Janne Ahonena. Próba pobicia tego wyniku podczas drugich zawodów w Engelbergu nie powiodła się – Morgenstern zakończył konkurs na najniższym stopniu podium. W 56. Turnieju Czterech Skoczni wygrał konkurs w Oberstdorfie. Ostatecznie zajął w całym turnieju 2. miejsce, przegrywając z Janne Ahonenem. W kolejnych konkursach Pucharu Świata regularnie stawał na podium.