Podczas Turnieju Nordyckiego 2005 zajął trzecie miejsce w konkursie w Lahti – za Mattim Hautamäkim i Roarem Ljøkelsøyem. W klasyfikacji generalnej PŚ zajął 7. miejsce.
Sezon 2005/2006 W LGP 2005 zajął trzecie miejsce, triumfując w Courchevel. W Zakopanem był drugi za Jakubem Jandą.
W 2006 w Garmisch-Partenkirchen znalazł się po raz pierwszy w karierze poza czołową trzydziestką konkursu (36. miejsce). W połowie stycznia w Kulm zdobył indywidualnie brązowy medal mistrzostw świata w lotach. W tym samym sezonie wziął udział w zimowych igrzyskach w Turynie. 18 lutego 2006 zdobył złoty medal olimpijski na dużej skoczni po skokach na odległość 133 i 140. Swojego rodaka, Andreasa Koflera, wyprzedził o 0,1 punktu. Drugi złoty medal zdobył w konkursie drużynowym. Indywidualnie na skoczni normalnej był dziewiąty.
Po zakończeniu igrzysk w Turynie zajmował wyłącznie miejsce w pierwszej dziesiątce konkursów, co zakończyło się dopiero trzynastą lokatą w Planicy. Ponadto Austria była niepokonana we wszystkich konkursach drużynowych. W klasyfikacji na koniec sezonu PŚ Morgenstern zajął piątą pozycję.
Sezon 2006/2007 Latem 2006 ograniczył się do trzech startów w Letniego Grand Prix, głównie z powodu operacji kontuzjowanego kolana.