Z kolei w ocenie M. Kałamajskiej-Saeed fałszywość znanego aktu fundacyjnego nie oznacza, iż cerkiew nie została naprawdę wzniesiona w podobnym okresie. Por. i .
Bez żadnych wątpliwości cerkiew istniała w 1456, gdy syn Olechny, Michał Kmita, sfinansował renowację obiektu, a miejscowej parafii podarował łąki i grunty orne Myszkowo w uroczysku Gryczówki. W 1513 Aleksandra Tęczyńska, jego córka, potwierdziła prawa parafii do wszystkich otrzymanych wcześniej nadań. Analiza jej zapisu pozwala stwierdzić, że oprócz parafialnej cerkwi Trójcy Świętej (z bocznymi ołtarzami Świętych Piotra i Pawła oraz św. Paraskiewy) w Siemiatyczach działała także kaplica św. Anny, która być może znajdowała się na miejscu zajmowanym obecnie przez katolicką kaplicę pod tym samym wezwaniem.
Według Maroszka możliwe jest, iż w pobliżu cerkwi znajdowała się pierwotna osada, z której rozwinęło się lokowane w 1542 miasto Siemiatycze. Funkcjonowanie w nim prawosławnej parafii jest ponownie potwierdzone w dokumentach z 1592. Cerkiew była centrum dzielnicy „ruskiej”, pozostającej w kontraście wobec „lackiej” dzielnicy skupionej przy ufundowanym w 1456 kościele katolickim.