Udzielał się w Fundacji Jolanty Kwaśniewskiej „Porozumienie Bez Barier”. W tym czasie zaczął być inwigilowany przez funkcjonariuszy służb, przesłuchiwany w charakterze świadka w sprawie zarzutów prowadzonej sprawy. Zachorował i leżał na internie. Z funkcji dyrektora WIM sam zrezygnował w styczniu 2007, zostawił szpital na plus 2 mln., po czym objął obowiązki Szefa Zespołu Konsultantów Wojskowej Służby Zdrowia. Był także Krajowym Konsultantem ds. Obronności w Dziedzinie Neurochirurgii.

22 sierpnia 2007 agenci CBA (szefem był Mariusz Kamiński, szefem Wojskowej Prokuratury Okręgowej w Warszawie był Jarosław Hołda, wcześniej prokurator w Katowicach, najbliższy współpracownik prokuratora Bogdana Święczkowskiego) i żandarmeria wojskowa zatrzymali rano generała przed jego domem, który szykował się do pracy, po czym przeszukali jego dom. Został zatrzymany pod zarzutem korupcji, fałszowania dokumentacji medycznej oraz według prokuratury wydawania fałszywych zaświadczeń najgroźniejszym polskim gangsterom. Poza profesorem zarzuty postawiono czterem lekarzom ze szpitala przy Saszerów i z Wojskowego Instytutu Medycyny Lotniczej i dwóm pacjentom.