Po jakimś czasie Corgan stwierdził jednak, że została „wyrzucona z zespołu za bycie nikczemną narkomanką, która odmawiała przyjęcia pomocy”. Zastąpiła ją była basistka grupy Hole, Melissa Auf der Maur, a cały zespół rozpadł się w roku 2000.

Wretzky była basistką grupy podczas nagrania jej pierwszych pięciu albumów: Gish, Siamese Dream, Mellon Collie and the Infinite Sadness, Adore, oraz Machina/The Machines of God. Mimo tego, zarówno ona, jak i Corgan potwierdzili, że często to on nagrywał ścieżki gitary basowej, gdyż mógł to zrobić przy znacznie mniejszej liczbie próbJimmy Chamberlin, Billy Corgan, Inside the Zeitgeist (wywiad), Reprise Records, 2007.. Wretzky często użyczała swojego wokalu na koncertach, zaśpiewała także w trzech utwory studyjne: „Daydream” (Gish), „Farewell and Godnight” (Mellon Collie and the Infinite Sadness) oraz „Dreaming” (The Aeroplane Flies High). Jest także współautorką piosenki „Daughter”.

Wretzky nie odpowiedziała na apel Corgana z 2005 roku, w którym wyraził on swą chęć reaktywacji zespołu.