W czasie II wojny światowej muzea zostały zniszczone w ponad 70%. Ich odbudowa rozpoczęła się w 1950 r., ale nie objęła najbardziej zniszczonego Nowego Muzeum, którego ruiny straszyły przez ponad 40 lat. Dopiero w 1987 r. podjęto decyzję o podjęciu niezbędnych prac zabezpieczających oraz restauracyjnych. Kompleksową renowację Wyspy Muzeów zaplanowano jeszcze przed 1989 r. Nie podjęto jednak żadnych prac z uwagi na ogromne koszty przedsięwzięcia. Dopiero po zjednoczeniu Niemiec, pod koniec lat 90. XX w. rozpoczęto kompleksowe prace restauracyjne oraz połączono kolekcje, rozdzielone przed 1989 r. W 1999 r. rada Fundacji Pruskiego Dziedzictwa KulturowegoMuzea należą do Związku Państwowych Muzeów Berlińskich, nad którym pieczę sprawuje Fundacja Pruskiego Dziedzictwa Kultury (niem. Stiftung Preußischer Kulturbesitz). uchwaliła tzw. Masterplan dla Wyspy Muzeów. Plan ten przewiduje odrestaurowanie wszystkich budynków, nadanie muzeom charakteru spójnego kompleksu muzealnego oraz uporządkowanie zbiorów podzielonych przed 1989 r. – realizacja planu potrwa do 2025 r.