Jako pierwszy powstał budynek Starego Muzeum, wzniesiony w 1830 r. był zarazem pierwszym publicznym muzeum na terenie Prus. W 1859 r. otwarto dla zwiedzających Królewskie Muzeum Pruskie (dzisiejsze Nowe Muzeum). W 1876 r. powstała galeria narodowa (dzisiejsza Stara Galeria Narodowa), a w 1904 r. Muzeum Cesarza Fryderyka (obecnie Muzeum im. Bodego, które nową nazwę otrzymało w 1960 r., by uczcić niemieckiego historyka sztuki ). W 1930 r. otwarto Muzeum Pergamońskie.
Pod koniec lat 70. XIX w. zaczęto używać nazwy Wyspa Muzeów dla określenia obszaru, na którym powstawały kolejne muzea.
W 1880 r. na konferencji dyrektorów muzeów podjęto decyzję o wystawianiu w salach Museumsinsel wyłącznie eksponatów sztuki wysokiej, które w owych czasach pochodziły głównie z obszaru Europy i Bliskiego Wschodu.