W 1790 nakazem państwowym kościół został zamknięty, a następnie sprzedany na drodze licytacji Elżbiecie Wielopolskiej, stanowiącej ówczesną właścicielkę miasta. Niedługo potem władze miejskie zażądały unieważnienia tej transakcji. Po długotrwałych sporach w 1801 roku przeprowadzono ponowną licytację kościoła. W związku tym, że prawo udziału w przetargu przysługiwało wyłącznie osobom fizycznym, władze miejskie wyznaczyły Marcina Rybarskiego do zakupu świątyni i zapewniły środki niezbędne na ten cel, doprowadzając do wykupu świątyni. Przez długi czas jednak władze austriackie nie zezwalały na odprawianie w kościele nabożeństw.
W okresie wojen napoleońskich kościół był wykorzystywany najpierw jako koszary dla około 400 żołnierzy, następnie jako magazyn żywności, a później przeznaczony został na szpital wojskowy. W 1826 z inicjatywy proboszcza ks. Franciszka Augustina rozpoczęto dostosowywanie budynku do pełnienia pierwotnej funkcji. W 1878 powstała kaplica Ogrójca, a w 1910 wzniesiona została wieża oraz przedsionek. W urządzonej w wieży kaplicy Serca Pana Jezusa w 1916 powstała polichromia autorstwa Jana Kazimierza Olpińskiego, na której ukazani zostali Ewangeliści oraz wizerunki czterech świętych polskich.