Flora i fauna Wyższe partie całej grupy porastają górnoreglowe lasy świerkowe. W partiach szczytowych, zwłaszcza na odsłoniętych dla wiatru grzbietach, świerkom skupionym w tzw. biogrupy i przyjmującym często formy sztandarowe lub kandelabrowe, towarzyszą krzaczaste zwykle formy jarzębiny. Na grzbiecie, od przełęczy Kubínska hoľa po szczyt Hali Kubińskiej, występuje kosodrzewina, która rośnie tutaj dużo niżej, niż wynosi dolna granica jej pionowego zasięgu w Tatrach. W niższych położeniach, w piętrze regla dolnego, świerkowi towarzyszy buk (liczniejszy na stokach południowych, opadających ku dolinie Orawy), jodła, jawor i in., a w dolinach potoków olsza szara. W niższych położeniach, głównie na stokach południowych, występują mieszane lasy liściaste, w których oprócz buka występują brzoza brodawkowata, olsza czarna, leszczyna i in. Na całym obszarze, od najniższych położeń po najwyższe szczyty, zwłaszcza na miejscach suchszych, występuje jałowiec.
Fauna Magury Orawskiej nie różni się od tej, jaką spotyka się w innych wysokich grupach górskich Zachodnich Beskidów.