W kwietniu 1996 roku sprawę opisano na łamach gazety New York Times.
Na temat budowy w okolicy Mieżgorje pojawiły się liczne spekulacje, między innymi związane z bronią masowego rażenia lub tajną bazą wojskową. Igor Siergiejew, który od 1997 roku pełnił funkcję ministra obrony Federacji Rosyjskiej zaprzeczył, aby miała ona związek z rozmieszczeniem broni jądrowej.
W kwietniu 2007 roku na terenie Mieżgorje zawalił się budynek, w wyniku czego zginęło czterech robotników.
Miasto corocznie otrzymuje dotacje z budżetu państwowego Federacji Rosyjskiej. W 2000 roku wynosiły one łącznie 145 625 000 rubli w 2010 roku 171 650 000 rubli (ok. 7,4 mln zł).
W kwietniu 2017 Rustem Mardanow, premier Republiki Baszkortostanu poinformował, że budowa obiektu, rozpoczęta jeszcze w czasach Związku Radzieckiego, nie została ukończona. W związku z tym władze rozważają dwa scenariusze: jej ukończenie za pomocą funduszy państwowych lub (o ile nie będzie to możliwe) zniesienie statusu miasta zamkniętego Mieżgorje, dzięki czemu będzie można prowadzić tu inwestycje oraz korzystać z zewnętrznych podmiotów.
Demografia W ciągu ostatniej dekady w mieście gwałtownie wzrosło bezrobocie.