Kilkanaście lat potem Stanisław Żółkiewski ofiarował im działkę u podnóża Pobożnej Góry, na którym około 1618 roku zaczęto wznosić klasztor, już 10 lat później został wydzielony z hierarchii cerkiewnej i obdarzony sporą niezależnością. 30 lat potem, ok. 1650 r. wzniesiono główną cerkiew Przemienienia Pańskiego.
Klasztor w swych dziejach był wielokrotnie niszczony: najpierw w 1659 r. przez Tatarów, w 1670 r. mnichów dosięgła epidemia dżumy, a 2 lata potem ponownie został najechany przez Tatarów - wówczas jednak klasztor się obronił za wstawiennictwem dwóch hetmanów kozackich: Piotra Doroszenki i Iwana Mazepy. Na początku XVIII w. klasztor hojnie obdarował car Piotr I, który w tej okolicy spotkał się z królem polskim Augustem II. W 1721 krechowscy mnisi przyjęli unię i rozpoczęli wznoszenie nowych, murowanych obiektów.
Według Słownika Geograficznego w klasztorze przechowywano oryginalne przywileje z własnoręcznymi podpisami Władysława IV, Jana Kazimierza, Michała Korybuta i Jana III, opatrzone wielkimi pieczęciami. (...) są tu także kwity na małych skrawkach pergaminu po turecku pisane, wydawane niegdyś przez wojsko nieprzyjacielskie oblężonym na znak otrzymanych w okup pieniędzy.