W latach 1966–1996 ordynariuszem diecezji był bp dr hc. Tadeusz Majewski, jego następcą został w 1996 bp prof. dr hab. Wiktor Wysoczański, który formalnie złączył funkcję biskupa-zwierzchnika Kościoła Polskokatolickiego w RP i ordynariusza diecezji warszawskiej Kościoła Polskokatolickiego w RP - co oznacza w praktyce, że biskup warszawski jest jednocześnie zwierzchnikiem Kościoła.
Ordynariusze 1961–1965 – ks. inf. dr Antoni Naumczyk 1966–1996 – bp dr hc. Tadeusz Majewski 1996–2023 – bp prof. dr hab. Wiktor Wysoczański 2023–nadal – bp dr Andrzej Gontarek
Podział administracyjny Diecezja dzieli się na dekanaty: dekanat pomorsko-warmiński z siedzibą w Bydgoszczy, dziekan: ks. dziek. prof. dr hab. Mirosław Michalski dekanat lubelsko-chełmski z siedzibą w Chełmie, dziekan: ks. dziek. Ryszard Walczyński dekanat żółkiewski z siedzibą w Żółkiewce, dziekan: ks. dziek. mgr Kamil Wołyński dekanat zamojski z siedzibą w Majdanie Nepryskim, dziekan: ks. dziek. dr Mieczysław Piątek dekanat warszawsko-łódzki z siedzibą w Świeciechowie Dużym, dziekan: ks. dziek. mgr Marcin Dębski Kościołem o wyższym statusie jest: Katedra Świętego Ducha w Warszawie – Katedra diecezji warszawskiej Kościoła Polskokatolickiego w RP Na terenie diecezji znajduje się: Centrum Kościoła Polskokatolickiego w RP im.