Rok 1957 przyniósł kolejną reformę administracyjną, powrócono do podziału na 7 dekanatów, rok później było ich już tylko 6: centralny, lubelski, chełmski, krakowski oraz wrocławski.
Kiedy wydawało się, że powyższy podział przetrwa dłuższy czas, postanowiono na nowo ulepszyć strukturę administracyjną Kościoła Polskokatolickiego w PRL. Decyzja w tej sprawie zapadła pod koniec 1959, natomiast weszła w życie na początku kolejnego, kiedy bp Maksymilian Rode powiadomił księży o nowym podziale administracyjnym na 11 dekanatów. W 1961 na mocy dekretu wydanego 23 marca bp Rode doprowadził do utworzenia trzech jednostek wyższego rzędu tj. diecezji. Archidiecezja warszawska składała się z dekanatów: warszawskiego, lubelskiego, zamojskiego, bydgoskiego i gdańskiego. W sumie, w diecezji warszawskiej było 5 dekanatów i 29 parafii. W latach 1975–1989 diecezja liczyła 37 parafii.