Przez kolejne lata cmentarz był remontowany lub popadał w ruinę. Pod koniec XX w. cmentarz stał się miejscem schadzek płockiej młodzieży, libacji alkoholowych oraz składowiskiem śmieci. Na początku lat 90. XX w. podjęto pierwsze próby uporządkowania terenu cmentarza. Jednak dopiero w 1995 r. zarząd nad cmentarzem przejęła Kuria Diecezji Płockiej, która zobowiązała się go uporządkować. Postanowiono odtworzyć historyczny układ przestrzenny cmentarza oraz utworzyć ossuarium na nowe i ekshumowane szczątki, a także wyznaczyć zabytkowe mogiły, które miały być w przyszłości poddane renowacji. Prace rewitalizacyjne przebiegały w atmosferze skandalu. Przy renowacji dopuszczono się wielu uchybień, przez co wiele z zabytkowych nagrobków uległo nieodwracalnemu zniszczeniu. Po zakończeniu prac, wytyczono nowe kwatery i obecnie jest on otwarty na nowe pochówki.