Jedna z teorii dotyczących zamachu na Johna F. Kennedy’ego głosi, iż za zamachem stała mafia, ale nie ma wiele dowodów na jej poparcie.
Prezydent John F. Kennedy (JFK) słynął ze słabości do kobiet. Jedną z wielu jego kochanek była aktorka – seksbomba Marilyn Monroe. Sam Giancana także był nią zainteresowany (była też jego kochanką). Upatrywał w niej środek pozwalający zdobyć władzę i przewagę nad klanem Kennedych (dodatkowo zainstalował w jej domu podsłuch). John utrzymywał ponadto kontakty z Judith Campbell Exner, która również obracała się w środowisku mafii.
Upadek W 1966 Giancana został zmuszony do rezygnacji z funkcji szefa mafii. Uważa się, że powodem takiej decyzji była niechęć Giancany do dzielenia się z mafią zyskami z kasyn w Ameryce Środkowej i Teheranie. Było to poważne naruszenie mafijnych zasad, a także oznaka braku szacunku wobec podwładnych. Umierający Ricca zdecydował, że Giancanę zastąpi Joe Aiuppa. Wielu innym bossom nie podobało się to, że raz za razem dochodziło do licznych ekscesów z jego udziałem (afery miłosne, zarzuty popełnienia morderstw, przepychanki i starcia z agentami FBI). Po ustąpieniu z funkcji szefa mafii wyjechał do swojej posiadłości w Cuernavaca w Meksyku.