W 1242 wybuchło powstanie plemion pruskich, w czasie którego zostały zdobyte, przez Pomezanów i Świętopełka, księcia pomorskiego (niedawnego sojusznika Krzyżaków), umocnienia w Starym Dzierzgoniu. Zakon warowni nie mógł odbić, więc mistrz krajowy Henryk von Weida podjął decyzję o wybudowaniu nowego zamku nad rzeką Dzierzgoń (Sirgune), któremu nadano nazwę Neu Christburg (Nowy Christburg). W 1248 wojska zakonne w bitwie pod Dzierzgoniem rozbiły oddziały Prusów, które oblegały ten zamek.
7 lutego 1249 doszło do zawarcia prusko-krzyżackiego układu w Dzierzgoniu, który zakończył powstanie. W imieniu Prusów – a ściślej Pomezanów, Natangów i Warmów – traktat zawarł legat papieski na Polskę i Prusy Jakub z Leodium, późniejszy papież Urbana IV. Prusowie zobowiązali się w traktacie do m.in. do odbudowy zniszczonych kościołów w Starym i Nowym Dzierzgoniu. Fakt ten świadczy o tym, iż osada w Dzierzgoniu musiała istnieć jeszcze przed zbrojnym zrywem ludności pruskiej. Początkowo Dzierzgoń istniał jako podgrodzie i najprawdopodobniej był otoczony palisadą.