Fabuła Akcja odbywa się na planecie Mobius, w mieście Mobotropolis, gdy królowa Aleena urodziła trojaczki. Nadała im imiona – Sonic, Manic oraz Sonia, lecz zły doktor Robotnik przejął władzę nad Mobiusem, a królowa nie chcąc dopuścić, żeby dzieciom stała się jakakolwiek krzywda, uciekła z nimi w przebraniu. Wyrocznia przepowiedziała jej, że utworzy razem z dziećmi "Radę Czworga", która położy kres tyranii Robotnika, lecz żeby do tego doszło, musi najpierw rozstać się ze swoimi dziećmi, dlatego pozostawia każde w oddzielnym koszyku pod drzwiami wybranych mieszkańców. Sonica przygarnął jego wujek będący w ruchu oporu przeciwko Robotnikowi, Sonię przygarnęła arystokratka, a Manica wziął ze sobą złodziej. Gdy Sonic, Sonia i Manic dorośli, spotkali się grając razem muzykę za pomocą specjalnych medalionów, które potrafią się zmienić w instrumenty. Postanowili razem stworzyć zespół rockowy o nazwie "Sonic Underground", będący jednocześnie częścią podziemnego ruchu oporu, aby obalić rządy Robotnika raz na zawsze i odnaleźć swoją matkę.