26 czerwca 2003 dokonano odbioru pozostałej części pawilonu B wraz z placami spacerowymi. W latach 2004–2005 zakończono przebudowę i remont pawilonu centralnego wraz z infrastrukturą do jego zasiedlenia. W tym samym czasie wyremontowano i zmodernizowano kompleks gospodarczy. Powstała nowoczesna i ekologiczna kotłownia oraz kuchnia spełniająca wymogi systemu.
Protesty więźniów W wyniku protestów we wrześniu 1989 więźniowie zatrudnieni w zakładzie POMET okupowali hale produkcyjne i dachy hal w przedsiębiorstwie. Kolejna fala niepokojów nastąpiła z chwilą, gdy sejm RP rozpoczął prace nad ustawą amnestyjną. Według wstępnego projektu miała ona wyłączać recydywistów. Jednakże niektórzy posłowie z OKP podtrzymywali w więźniach nadzieję, że jednak obejmie ona recydywistów. W tym czasie faktycznie władzę w więzieniu przejęli więźniowie. Administracja SW była politycznie ubezwłasnowolniona przez nową ekipę rządową.