Rejon ten obsadzony został przez żołnierzy zgrupowania AK "Żyrafa". 17 sierpnia pod klasztor podjechała prawdopodobnie zbłąkana kolumna niemieckich ciężarówek wypełnionych amunicją i materiałami wybuchowymi. Żołnierze „Żyrafy” zdobyli kolumnę. Tego samego dnia, przy wsparciu ogniowym artylerii z Burakowa, niemieckie oddziały w sile ok. 60 ludzi podjęły próbę odbicia utraconego ładunku. Budynek klasztoru stał się drogą natarcia oddziałów niemieckich na barykadę powstańczą. Został podpalony, jednak pożar udało się ugasić. Atak został odparty, a szpital w nocy z 18 sierpnia na 19 sierpnia ewakuowano do domów na ul. Krasińskiego pod numerami 16 oraz 10, a następnie na ul. Krechowiecką 6. 31 sierpnia w czasie niemieckiego nalotu zginęło tam 10 sióstr.
Ewakuacja szpitala spowodowała, że klasztor zaczął pełnić funkcje obronne. Zabudowania silnie ufortyfikowano, przedpole zaminowano. Twierdza Zmartwychwstanek zaczęła odtąd tworzyć silny punkt oporu w linii obrony Żoliborza. Obsadzona była przez żołnierzy AK, OW PPS i AL.