Jednocześnie, za zgodą przełożonych prowincji warszawskiej – matki Małgorzaty Dąbrowskiej CR oraz klasztoru – siostry Beaty Przybyłowicz CR, klasztor ten już w roku 1942 został przeznaczony na szpital polowy na wypadek wybuchu ogólnonarodowego powstania. W ścisłej konspiracji szpital ten od tego roku organizowała i wyposażała w odpowiedni sprzęt medyczny i lekarstwa służba zdrowia Obwodu II AK, a w szczególności: dr Czesław Błeczyński ps. Staruszek (szef służby zdrowia II Obwodu AK), dr Zbigniew Papiewski ps. Strumień, dr Maria Cywińska-Łyskawińska ps. Jolanta (referentka sanitarna WSK). Ze strony zakonnej za organizację szpitala odpowiedzialna była zaprzysiężona lekarka – siostra Amata Pruszko CR. Zapasy żywności gromadzono pod dowództwem kpt. Zygmunta Stefańskiego ps. Szachista. W ramach tego na teren klasztoru sprowadzono nawet 5 krów. Cała działalność była świetnie zakonspirowana, a o organizacji szpitala nie wiedzieli nie tylko Niemcy, którzy stacjonowali nieopodal w Instytucie Chemicznym, ale również część sióstr zakonnych.