Przy stacji zlokalizowane są cztery stacje metra oraz dworzec autobusowy.
Rys historyczny Stacja Shinjuku została urządzona na ukończonej w 1885 r. linii obwodowej Yamanote-sen kolei prywatnej Nippon Tetsudō, łączącej linię Kolei Rządowych Shimbashi (Tokio) – Jokohama, otwartą 1872, z linią główną Nippon Tetsudō, otwartą w 1883. Shinjuku stało się stacją węzłową po budowie linii do Hachiōji (kolej prywatna 甲武鉄道 Kōbu Tetsudō; obecna Chūō-sen) w 1889. W latach 1894–1919 otwierano przedłużenie tej linii, łączące Shinjuku z centrum Tokio. Po jego ukończeniu dworzec znalazł się na skrzyżowaniu dwóch tras, których znaczenie wzrosło w wyniku rozwoju przestrzennego miasta. W 1904 r. Kōbu Tetsudō zelektryfikowała ruch podmiejski jako pierwsza kolej sieci krajowej w Japonii. W 1907 obie linie zostały zakupione przez państwo, w ramach upaństwowienia głównej sieci kolejowej kraju. Na przestrzeni ostatnich dekad perony JR zostały częściowo nadbudowane galerią o funkcjach dworcowo-usługowych oraz domem towarowym.