thumb|left|250px|Dworzec wieczorem. Po lewej dom towarowy Odakyū, na wprost – Lumine kolei JR thumb|left|250px|Zachodnia strona dworca wieczorem. Na parterze domu towarowego Odakyū znajduje się wejście na dworzec JR thumb|left|250px|Perony dworca JR. Po lewej jeden z ekspresów linii Chūō thumb|left|250px|Godzina szczytu na peronie Yamanote-sen Na południowy zachód od kompleksu stacji Toei-Shinjuku-sen znajduje się stacja linii Toei-Ōedo-sen (peron wyspowy na poziomie -7). Druga stacja na tej linii (新宿西口 Shinjuku Nishiguchi) znajduje się na północny wschód od kompleksu JR (nie można przejechać bezpośrednio pociągiem między tymi stacjami).
Dworzec kolei 西武鉄道 Seibu Tetsudō ma 1 peron wyspowy i 1 boczny (3 tory ślepe), położone nad ziemią.
Integracja z transportem lokalnym Większość pociągów obsługujących dworzec obsługuje także ruch wewnątrzmiejski i rozprowadza ruch aglomeracyjny w obrębie miasta.
Potoki osób przesiadających się na stacji Shinjuku zostały nieco ograniczone dzięki „przechodzeniu” części pociągów między siecią 京王 Keiō a linią metra 都営新宿線 Toei-Shinjuku-sen, między siecią 小田急 Odakyū a linią 東京メトロ千代田線 Tōkyō Metro Chiyoda-sen (stacja 代々木上原 Yoyogi-Uehara, czwarta przed Shinjuku), oraz również między linią JR中央線 JR Chūō-sen a linią 東京メトロ東西線 Tōkyō Metro Tōzai-sen (stacja 中野 Nakano, trzecia przed Shinjuku).