Przed 11 etapem wykryto EPO w organizmie Moisésa Dueñasa z ekipy Barloworld. Przed startem 12. etapu z wyścigu został wycofany Riccardo Riccò, u którego również wykryto pochodną EPO (CERA (Continuous Erythropoietin Receptor Activator)). Z tego powodu z wyścigu wycofała się cała jego drużyna – Saunier Duval-ScottRiccò fails doping test – Saunier Duval out of Tour, cyclingnews.com, 17.07.2008. Ten sam środek wykryto także w organizmach Włocha Leonardo Piepolego i Niemca Stefana SchumacheraPiepoli and Schumacher Tour de France samples positive for CERA .
27 lipca, niedługo po zakończeniu wyścigu ogłoszono iż kazachski kolarz Dmitrij Fofonow miał pozytywny wynik testu antydopingowego po 18. etapie. Zawodnik ten zajął 19. miejsce w klasyfikacji generalnej i tłumaczył się, że zażył środek przeciwko skurczom, a kupił go przez internet.
Austriacki kolarz Bernhard Kohl, który zajął trzecie miejsce w klasyfikacji generalnej i zwyciężył w klasyfikacji górskiej w październiku 2008 roku przyznał się do stosowania dopingu Kohl-Geständnis: "Die Versuchung war zu groß" . W konsekwencji anulowano jego wyniki na TdF oraz zawieszono na dwa lata.