Drużyny 13 lutego 2008 roku zdecydowano, że z powodu powiązań z aferą dopingową „Operación Puerto” na tym Tour de France nie wystąpi grupa Astana, której zawodnikiem był zwycięzca poprzedniego TdF – Alberto Contador, oraz trzeci zawodnik tamtej edycji Wielkiej Pętli – Levi Leipheimer. W Tour de France 2008, w odróżnieniu od poprzednich edycji, zlikwidowano bonifikaty czasowe za trzy czołowe miejsca na mecie etapu.
W tej edycji TdF wzięło udział 20Les équipes du Tour de France 2008 drużyn: Quick Step Silence-Lotto Team CSC Saxo Bank Ag2r-La Mondiale Agritubel Bouygues Télécom Cofidis Crédit Agricole La Française des Jeux Caisse d’Épargne Euskaltel-Euskadi Saunier Duval-Scott Rabobank Gerolsteiner Team Milram Team Columbia Team Garmin-Chipotle Team Barloworld Lampre Liquigas
Afera dopingowa 11 lipca 2008 roku pojawiła się wiadomość dotycząca pozytywnego wyniku testów antydopingowych u hiszpańskiego kolarza Manuela Beltrana. Wykryto u niego w organizmie erytropoetynę (EPO). Jego drużyna – Liquigas – wycofała go z wyścigu w trybie natychmiastowym. Próbka B nie została jeszcze wtedy przebadana.