Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
Batalion zmobilizowano w ramach mobilizacji częściowej zarządzonej 23 marca 1939 i przesunięto w rejon: Żywiec, Chabówka, Nowy Sącz. Potem podporządkowano bezpośrednio dowódcy Armii „Kraków”. 10 lipca pododdział podporządkowany został dowódcy pododcinka „Sucha”, który w sierpniu przemianowany został w 2 Brygadę Górską. Formalnie jednostka wchodziła w skład 2 pułku KOP „Karpaty”, jako jego III batalion.
Walki batalionu W kampanii wrześniowej walczył w składzie 2 Brygady Górskiej (Grupa Operacyjna „Jasło”, Armia "Karpaty"). Dowódcy batalionu podporządkowano: batalion ON „Limanowa” - kpt. Władysław Wojtowicz Komisariat SG „Krościenko” - kom. SG Tadeusz Kuryłowicz pluton wzmocnienia - ppor. rez. Adam Faron Komisariat SG „Rytro” plutony artylerii pozycyjnej nr 51 i 52 (trzy armaty)
3 września przed południem w Starym Sączu, pozostający w odwodzie dowódcy batalionu, I pluton ckm zestrzelił niemiecki samolot.