Złoty okres 19 kwietnia 1961 Universitario zadebiutowało w Copa Libertadores. Rywalem był obrońca trofeum urugwajski CA Peñarol. Mecz na Estadio Centenario zakończył się klęską 0:5. W rewanżu mistrzowie Peru wygrali tylko 2:0. Mistrzostwo z 1964 umożliwiło kolejną międzynarodową próbę, ale w 1965 kolejne rozczarowanie – ostatnie miejsce za Santosem FC i Club Universidad de Chile. W 1966 jako wicemistrzowie Peru nie awansowali do następnej rundy, ale zajęli trzecie miejsce w sześciozespołowej grupie tuż za dwoma argentyńskimi klubami z Buenos Aires – River Plate i Boca Juniors. Odwieczni rywale i aktualni mistrzowie Peru, drużyna Alianzy zajęła dopiero piąte miejsce. W następnym roku Universitario wreszcie wyszło z grupy i awansowało do dalszych gier, zmuszając do barażowego meczu słynny Racing, który w tym roku miał sięgnąć po najwyższe trofeum. 18 lipca 1967 w Santiago Universitario uległo w walce o finał 1:2. Na pocieszenie pozostało drugie z rzędu mistrzostwo kraju. W 1968 ponownie wyszli z grupy, ale przegrali w półfinale. Po czterech startach z rzędu w 1969 Universitario z powodu słabszego sezonu 1968 w lidze na arenie międzynarodowej pauzowało, za to w kraju kolejny raz zdobyło tytuł mistrza kraju. W 1970 ponownie wyszli z grupy na pierwszym miejscu, ale w ćwierćfinale nie dali rady klubom z Argentyny.