Po wybuchu I wojny światowej w jej klasztorze organizowane były transporty leków dla rosyjskich szpitali polowych. Mimo tego w latach 1915–1917 kilkakrotnie wysuwano wobec niej – niepotwierdzone – oskarżenia o szpiegostwo na rzecz Niemiec.
Po rewolucji lutowej Wiosną 1917 cesarz Wilhelm II zaproponował Elżbiecie wyjazd z ogarniętej rewolucją Rosji, prawdopodobnie motywowany faktem, że w młodości był w niej zakochany. Kobieta jednak odmówiła. Cesarz podjął nowe wysiłki w tym zakresie po podpisaniu z Rosją radziecką pokoju w Brześciu Litewskim. Elżbieta twierdziła jednak, że musi dzielić z narodem rosyjskim jego los w każdej sytuacji. W kwietniu 1918 została aresztowana przez oddział Czerwonej Gwardii razem z synem księżnej Paley (Włodzimierzem Pawłowiczem Paleyem), trzema wnukami wielkiego księcia Konstantego Mikołajewicza (Janem, Konstantynem i Igorem), najmłodszym bratem wielkiego księcia Aleksandra (Sergiuszem Michajłowiczem) oraz mniszką Barbarą (Jakowlewą). Zostali wywiezieni do Ałapajewska na Uralu.