Brak jest dowodów na to, że miasto posiadało pieczęć wcześniej.
Ponowne przywileje potwierdził tu Zygmunt Stary w 1538.
Za czasów starosty Adama Balińskiego pod koniec XVI wieku w zamku kruszwickim odbyły się nabożeństwa braci czeskich. Reformacja jednak nie przyjęła się na tych terenach.
W XVI wieku w Kruszwicy żył pisarz, kustosz kolegiaty ks. Stanisław Grochowski. Opisał on około 1600 roku w utworze rymowanym wieś Piecki położoną niedaleko Kruszwicy. Pisał on wiersze, satyry i pamflety. Prof. dr Konrad Górski nazwał je „perełkami literackimi”.
Kolejne przywileje potwierdzili tu królowie: Władysław IV w 1635, Jan III Sobieski w 1680, August II Mocny w 1701 i 1720.
mały|450px|centruj|Erik Dahlbergh, Munita Arx Krusewix, XVII w.