Mimo przychylnej postawy prawosławnego patriarchy Aleksandrii, wobec ostrego sprzeciwu duchowieństwa i wiernych jego patriarchatu, unia ta w Egipcie nie weszła w życie (podobnie zresztą, jak na pozostałych terenach Wschodu). Później, z inicjatywy Rzymu, próby unii katolicko-koptyjskiej podjęto na synodzie w Kairze w 1582 i jeszcze raz w 1814. Skończyły się one niepowodzeniem.
W 1741 papież Benedykt XIV ustanowił wikariat apostolski dla Koptów w Egipcie. Pierwszym wikariuszem został Atanazy, koptyjski biskup Jerozolimy. Listem apostolskim Christi Domini z 26 listopada 1895 papież Leon XIII przywrócił katolicki koptyjski patriarchat aleksandryjski, na pierwszego patriarchę naznaczając biskupa Cyryla Macaire. Obszar patriarchatu został podzielony na 3 diecezje: Teby (eparchia luksorska), Hermopolis Magna (eparchia Al-Minja) i patriarchalną, z siedzibą w Kairze (koptyjska eparchia Aleksandrii). W latach 1908–1947 patriarchatem zarządzali administratorzy apostolscy – najpierw Maksymos Sedfaui, potem Marek II Chuzam (Khouzam). Ten ostatni w 1947 został obrany na patriarchę i w 1948 intronizowany pod imieniem Marka II. Ten sam synod z części diecezji tebańskiej wydzielił czwartą diecezję – Asjut. Następnym patriarchą (1958–1986) był Stefan I Sidarus (Sidarouss), od 1965 kardynał, po którym nastąpił Stefan II Gattas.