Powstały dwie linie patriarchów Aleksandrii – monofizycka i melchicka.
Chalcedoński Kościół egipski przez kilka wieków pozostawał jednolity, zachowując łączność i z Rzymem i z Konstantynopolem, mimo że kulturowo egipscy melchici należeli do kręgu bizantyjskiego. Jednak po rozłamie wywołanym wielką schizmą wschodnią (1054) egipscy melchici, pozostający pod wpływem patriarchatu konstantynopolitańskiego, stopniowo porzucili łączność z Kościołem Rzymu, opowiadając się zdecydowanie za prawosławiem i stając się częścią cerkwi prawosławnej. Tylko garstka wiernych, pozbawiona niemal całkowicie hierarchii duchownej, pozostała w łączności z Rzymem. Do udzielania sakramentów sprowadzano księży z zewnątrz, głównie z Jerozolimy. Od XVIII wieku stałą opiekę duszpasterską nad egipskimi katolikami sprawowali franciszkanie.
Zarówno Rzym jak i Konstantynopol kilkakrotnie próbowały doprowadzić do unii wszystkich trzech Kościołów egipskich, pod własną obediencją. Ze strony Zachodu pierwszą próbą była unia florencka, zawarta 4 lutego 1443 na Soborze we Florencji, dotyczyła ona jednak tylko zjednoczenia Kościoła łacińskiego z Cerkwią.