Przekazanie odcisków palców przez migranta poszukującego ochrony jest wymogiem prawa unijnego. Cyfrowy zapis linii papilarnych pobrany z wszystkich 10 palców jest przesyłany do jednostki centralnej, gdzie następuje automatyczne sprawdzenie, czy taki odcisk palca znajduje się już w bazie danych (na zasadzie podobieństwa do istniejącego w bazie obrazu), jak również zapisanie pobranego, dotąd nieznanego, nowego odcisku do bazy. Identyfikacja tożsamości osoby następuje wyłącznie przez jej odciski placów, nie mają znaczenia dokumenty, takie jak np. paszport, dowód osobisty. Oparta na biometryce charakterystyka człowieka jest unikalna i trwała, zaś poziom pomyłek wynosi maksymalnie 0,1–2%. W bazie zapisywany jest obraz odcisku, płeć osoby, data oraz numer pobrania w danym kraju. Specjalny system AFIS (Automated Fingerprint Identfication System – Automatyczny System Identyfikacji Daktyloskopijnej), który został uruchomiony w styczniu 2003 r., wspomaga państwa członkowskie w zakresie wykrycia, czy osoba przekraczająca granicę ubiegała się już wcześniej o ochronę międzynarodową poprzez próbę wjazdu do UE z terytorium innego państw członkowskiego lub czy przekraczała wcześniej nielegalnie granicę UE.