W tym samym roku – mimo że formalnie nie był nauczycielem akademickim – zaczął wykładać psychiatrię na Uniwersytecie Chicagowskim, zasadniczo pracował jednak jako psychoanalityk kliniczny.
W latach pięćdziesiątych dał się poznać jako psychiatra, człowiek niezwykle twórczy; pisał dużo o psychoanalizie i o psychologii muzyki; za jego największe dzieło uchodzi przedstawiona publicznie w 1956 roku i opublikowana w roku 1959 praca o empatii.
W latach 1964–1965 Kohut pełnił funkcję prezesa American Psychoanalytic Association. Od połowy lat sześćdziesiątych aż do śmierci zajmował się głównie działalnością pedagogiczną i pisarską. W roku 1971 opublikował swe najważniejsze dzieło: The Analysis of the Self: A Systematic Analysis of the Treatment of the Narcissistic Personality Disorders.
Ostatnią dekadę życia spędził Kohut na zmaganiach z chorobami. W roku 1971 zdiagnozowano u niego ziarniniaka grzybiastego – informacje o tym Kohut zataił przed rodziną; w 1979 roku przeszedł operacje wszczepienia bypassów; zmarł w wyniku komplikacji związanych z zapaleniem płuc.